在中國水果產業發展40年的過程中，有很多教訓和存在的問題，需要去反思、規避、改進。中國工程院院士、副院長鄧秀新列舉了我國水果產業問題的表象，并針對這些問題表現尋根溯源，從客觀上和主觀上兩個方面分析問題產生的原因，以及在今后發展中需要注意的事項。

主要的問題表現在八個方面。

第一、水果國際競爭優勢在淡出而不是增強，鮮果國際貿易額開始出現逆差。

第二、單位面積效益逐年下降。在宜昌，過去（70年代）種一畝柑橘相當于2年的工資，現在種一畝柑橘也就2000來塊錢，1個月的工資都不到。

第三、雖然水果種類更加多樣化了，但是品種卻單一化，例如蘋果，三分之二的產量都是富士這一個品種，吃來吃去都是一個味道。

第四、病蟲害危害增加，柑橘的黃龍病、香蕉枯萎病、獼猴桃潰瘍病、梨子的枯梢病還有小食蠅等等。

第五、勞動力老化，勞動力素質整體下降。

第六、水果種業更加混沌。這里說的是混沌而非混亂，是因為我國的種苗在國家立法層面并沒有統到底，種子法允許個人自己繁育和零售苗木，初衷是為了維護農民的利益，但由于個人繁育技術、交易調運監管存在盲區和灰色區域等問題，帶來了苗木安全問題，導致危險性病蟲害的傳播。國家也投入了大量良繁體系建設資金，但由于機制不靈導致多數沒有發揮作用。好在一些地方立法又進行了優化，例如廣西、江西贛州的地方制定法規對苗木進行管理。因此，各地在發展水果產業中，一定要有苗木的管控辦法，既要保證百姓的購苗自主權又要保證種苗的干凈安全。

第七、砧木育種滯后。

第八，科技研發、推廣體系與生產組織方式不相適應。因此，科研如何更加貼近生產，如何把生產問題轉換成科研題目，值得科技工作者去努力。未來政府資金支持方向也可以適當調整，更加體現問題導向。

一是大市場與小農戶之間的矛盾。中國的水果市場很大，全世界總共8億多噸的產量，有30%是中國消費的。如此龐大而復雜的市場，小農戶力量是無法去了解的，即使有政府的協助和引導，還是有信息不對稱，這也導致供需關系和價格波動較大，特別是不耐貯藏運輸的水果、蔬菜、花卉等鮮活產品。

另外，種植者、消費者、經營者三者之間有利益矛盾，他們長期以來都是買賣關系，而不是共生互利的關系。在過去的傳統發展模式里，誰決定了應該種哪種水果，誰決定了一種水果是可以大發展還是小發展，很多時候不是生產者、不是科研工作者，也不是消費者，而是中間的運營商。

二是產業鏈較短，園藝產品的加工仍然比較落后。廣義的加工，應該包含采后的商品化處理。目前，水果產業在這個環節普遍是短板，多數產品都是未經分級處理就包裝上市了，腐爛率較高。冷鏈的不完善，也造成產品離產地越遠品質下降越快。在狹義的加工中，也就是改變產品形態的加工中也存在許多問題，規模化的原料基地建設跟不上加工的需求，品種布局與時間搭配跟不上加工需求，很多廠建在那里只有一兩個月的開工時間，其他時間都是閑置，資源浪費。還有一些地方立地條件差和土地價格高，造成加工原料價格很高，產品沒有市場競爭力。

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